"Cis A" i "Cis B" (gm. Szydłowiec) – rezerwaty utworzone dla ochrony występującego w stanie naturalnym cisa pospolitego,
"Puszcza u źródeł Radomki" (gm. Przysucha) – typowe dla Gór Świętokrzyskich zbiorowisko leśne z dużym udziałem jodły,
"Modrzewina" (gm. Belsk Duży) – największe wyspowe stanowisko modrzewia polskiego,
"Tomczyce" (gm. Mogielnica) – stroma skarpa nad Pilicą z głębokimi jarami porośnięta wiekowym drzewostanem sosnowym,
"Olszyny" (gm. Magnuszew) – naturalny fragment bagiennego lasu stanowiący fragment Puszczy Stromeckiej,
"Jedlnia" (gm. Jedlnia-Letnisko) – naturalny zespół leśny charakterystyczny dla Puszczy Kozienickiej,
"Ciszek" (gm. Pionki) – naturalne stanowisko jodły pospolitej wyznaczające północną granicę tego gatunku,
"Zagożdżon" (gm. Pionki) – las mieszany z jodłą na granicy zasięgu,
"Ponty im. T. Zielińskiego" (gm. Pionki) – drzewostan mieszany pochodzenia naturalnego z jodłą na granicy zasięgu,
"Załamanek" (gm. Pionki) – unikalne bogate siedlisko leśne i bagienne,
"Pionki" (gm. Pionki)– naturalne drzewostany sosnowo-jodłowo-dębowe,
"Brzeźniczka" (gm. Pionki) – naturalny wielogatunkowy drzewostan Puszczy Kozienickiej położony nad rzeką Zagożdżanką i jej dopływem Brzeźniczką,
"Ługi Helenawskie" (gm. Pionki) – siedlisko bagienne położone w wododziale rzek Zagożdżanki i Zwolenianki,
"Miodne" (gm. Zwoleń) – naturalne stanowisko buka zwyczajnego na północnej granicy zasięgu karpackiego,
"Krępiec" (gm. Garbatka Letnisko) – utworzony dla zachowania urozmaiconego krajobrazowo i geomorfologicznie fragmentu Puszczy Kozienickiej ze zróżnicowanymi drzewostanami i bogatą siecią wodną,
"Sadkowice" (gm. Solec) – obejmuje stanowisko bardzo rzadkich chronionych roślin ciepłolubnych jak: wisienki stepowej, lasu złocistego i astra gawędki,
"Sokół" (gm. Wyśmierzyce) – położony na południowym skraju doliny Pilicy, powołany do ochrony naturalnych bardzo zróżnicowanych siedlisk wilgotnych z niezwykle rzadkim w Polsce olsem jesionowym,
"Majdan" (gm. Stromiec) – najdalej wysunięte na północ stanowisko jaworu stanowiące relikt dawnego zasięgu dochodzącego do Pilicy,
"Jeziora-Olszyny" (gm. Pniewy) – naturalny fragment lasu bagiennego (łęg olszowo-jesionowy) w dolinie Jeziorki,
"Łęgacz" (gm. Grójec) – rezerwat powołany do ochrony naturalnych zespołów roślinnych w dolinie Jeziorki.
"Borowiec" (gm. Przyłęk) – obejmuje unikalne w skali krajowej i charakterystyczna dla siedlisk wodnych, błotnych i torfowiskowych zespoły roślinne i zwierzęce. Na terenie rezerwatu stwierdzono m.in. 234 gatunki roślin i 140 gat. zwierząt kręgowych,
"Podlesie" (gm. Przysucha) – utworzony dla ochrony zbiorowisk jedlin oraz wielogatunkowych drzewostanów z przewagą i domieszką jodły porastające wzgórze będące przedłużeniem Skłobskiej Góry,
"Starodrzew Dobieszyński" (gm. Stromiec) – utworzony dla ochrony wiekowych drzewostanow dawnej Puszczy Stromeckiej,
"Dąbrowa Polańska" (gm. Iłża) – utworzony dla zachowania nielicznych już w kraju zespołów dąbrowy swietlistej. Na obszarze rezerwatu występuje 150 gatunków roślin naczyniowych związanych z siedliskami leśnymi,
"Piotrowe Pole" (gm. Iłża) – stanowisko starodrzewu modrzewiowego w wieku około 170 lat z bukiem w warstwie dolnej drzew. Jest to najstarszy drzewostan modrzewiowy na terenie Puszczy Iłżeckiej,
"Leniwa" (gm. Kozienice) – rzadko spotykany ols jesionowy w tarasie zalewowym rzeki Leniwej. Dodatkowym celem ochrony jest zachowanie fragmentu wpoplnaturalnego krajobrazu górnej części doliny Leniwki,
"Źródło Królewskie" (gm. Kozienice) – unikatowy zespół źródeł na terenie Puszczy Kozienickiej z których największe nosi nazwę "Źródło Królewskie" i nazwane jest przez miejscową ludność również "Źródełkiem miłości". Występujące tu zespoły leśne są pozostałościami po występujących niegdyś powszechnie w Puszczy Kozienickiej łęgów olszowo-jesionowych.
